Das Freibad in Erkheim entsprach Ende 2002 nicht mehr den gesetzlichen Vorschriften und der Gemeinde standen keine finanziellen Mittel zur Erfüllung der vielfältigen Auflagen zur Verfügung, es drohte die Schließung des traditionsreichen Bades. Daraufhin gründete sich der Förderverein Freibad Markt Erkheim e. V., der mit mittlerweile über 1.800 Mitgliedern die größte Vereinigung des Marktes bildet.
Der Verein übernahm die Trägerschaft und den Betrieb des Bades. 2005 legte er ein Konzept zum Umbau der Anlage in ein naturnahes Badegewässer ohne Chlorungsanlagen vor, bei dem Regenerationsteiche die Filterung des Wassers übernehmen sollten. Dieses von LEADER+ unterstützte Pilotprojekt wird von der Limnologischen Station der TU München wissenschaftlich begleitet.
Die Einweihung des Naturbades fand im Mai 2007 statt. In den kommenden Jahren wird die TU München den Betrieb des Bades genau beobachten und die Ergebnisse in einem Handbuch zusammenfassen, da bislang kaum Planungsgrundlagen für die Errichtung und den Betrieb naturnaher Freibäder existieren, insb. was die Verwendung der Reinigungssysteme, die Betriebssicherheit und auch die Rechtslage anbelangt.